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Sequencher 5—DNA序列分析軟件

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軟件簡介

Sequencher 是 DNA 序列分析的工業標準軟件。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作，并且因為它的極速 Contig 組裝、很短的學習曲線、用戶友好的編輯工具，以及卓越的技術支持聞名。

Sequencher軟件功能

Sequencher 從差不多 15 年前釋出第一個版本到現在，Sequencher 在每個基因專業和制藥公司中都應用與于序列分析任務，同時在全球超過40個國家里為數眾多的學術和政府實驗室中使用。Sequencher 被生命科學研究者們使用于許多不同的 DNA 序列分析應用方面，包括基因重組、突變檢測、法醫的人體辨別，以及分類學等等...
Sequencher 的能力包括雜合子和 SNP 的檢測和分析，cDNA 到 染色體 DNA 的大型間隙對準，比較排序，對置信評分的支持、ORF 轉換、基因銀行特性化導入、以及限制酶映射等等。

軟件特性

SNP 檢測 (SNP Detection)
Sequencher 有幾個強大的工具可幫助您檢測 DNA 序列中的突變和 SNP。您可以使用 Sequencher 在一組序列之間進行比較序列比對，或者將一個或多個序列與參考序列進行比較。Sequencher 的Call Secondary Peaks...功能分析所有序列中的潛在雜合子。很容易控制定義雜合子的嚴格性。

繪制 DNA 組裝概覽中所有雜合子的位置。

您可以從一個雜合子導航到下一個雜合子；只需單擊 Bases 視圖中的空格鍵。查看共有序列和共有序列下方的參考序列的蛋白質翻譯。參考序列可確保您的 SNP 編號從一個 DNA 組裝到下一個組裝是一致的。


序列裝配 (Sequence Assembly)
Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷快速而又準確的裝配起來。自覺的工具允許你在數秒內就可以設置好參數并且調整它們。
你完全可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會比較前端和反轉補體方向來裝配最可能的 Contig。

將 Sequencher 的多功能裝配工具應用到：
■確定矢量構造
■裝配病毒和細菌基因組
■從 cDNA 庫中聚類數以萬計的序列
■將基因變體和一個參考序列做對比
■創建一個引物地圖
■將 cDNA 裝配成基因組序列
以及其他許多項目...



序列編輯 (Sequence Editing)
Sequencher 為您提供 DNA 序列編輯工具，您需要知道序列是絕對正確的。您可以一次查看一個序列的色譜圖數據，或以正向和反向查看多個對齊的色譜圖。


滾動瀏覽對齊的數據既快速又容易，或者您可以使用 Sequencher 的選擇工具突出顯示差異或低質量的區域。

自動分析 (Automated Analysis)
Sequencher 可對你的數據進行批處理，這個過程是透明、用戶可定義、可恢復的，并且 Sequencher 從不為了自動化的目的而破壞你科學結論的正確性。
當你工作在多個序列時，Sequencher 可以：
■調用第二峰
■調整矢量
■調整低質量的尾端
■創建一致序列
■恢復到實驗數據
Sequencher 總是管理兩份數據，一份編輯過的，一份則是原始的導入數據。當你應用“Revert to Experimental Data”命令到在你項目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時，你可以撤銷所有或者部分編輯動作。
自從 4.5 以后，Sequencher 就包含了一個新的自動化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以選擇片段名的一部分作為一個共享的標識符，或者說是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動轉換為 Contig。例如，僅僅通過一個按鈕的點擊，你就可以將 90 個文件，45對前端和反向序列轉換成 45 個根據你的病人編號命名的 Contig。裝配參數的每個變化都會重組你的片段，因此你可以根據克隆編號、日期、引物，或者其他任何你記錄在序列名稱中的特征，來裝配 Contig。

如果你做了許多排序，你會感激“Assemble by Name”，尤其是在你有許多個帶有一個標準引物集的樣本序列時。事實上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些應用包括：
■用于身份鑒定和人口研究的 MHC 和線粒體基因排序。
■候選基因的 PCR 產品的分析。
■對保存的跨系統分類物種基因的排序。
■通過跟蹤病毒對抗病毒劑或疫苗的抗藥性，對病毒序列進行監控。

即使在項目中只有一個 Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因為它確保 Contig 的名稱可以精確的表述樣本的名稱。如果你有命名為“Bob”的樣本，那么正確命名你的 Contig 并不是什么難事，但但你有象“Bob-2309888762-4321”這樣更復雜的名字時，允許 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。

矢量微調 (Sequence Trimming)
自動化 DNA 測序儀偶爾會產生質量較差的讀數，特別是在測序引物位點附近，以及在較長序列運行結束時。DNA 文庫中的克隆序列通常包含載體序列、polyA 尾或其他不相關的序列。內含子和引物序列經常位于擴增外顯子序列的兩側。除非通過修剪去除，否則任何這些偽影都會扭曲您的序列組裝和下游序列分析。
Sequencher 提供了簡單易用但功能強大的工具，可幫助您修剪質量差或模棱兩可的數據：
Trim Ends從測序片段的末端去除誤導性數據。
Trim Vector去除污染序列末端的序列特定數據。
修剪到參考消除了超出組裝參考序列的序列末端。

在執行修剪之前，Sequencher 會顯示建議修剪的圖形表示，這使您可以進一步細化您的標準。

如果您想在修剪序列的任一端或兩端恢復一定數量的堿基，因為您的修剪過于嚴格，或者您想提高覆蓋率， Batch Revert Trim Ends 可以讓您做到這一點。只需單擊幾下，您就可以將堿基恢復到只有幾個或幾千個序列，并更好地控制您的序列修剪。

軟件新功能

2016年8月正式發布Sequencher 5.4.5，Sequencher 5.4.5擴大了大型基因組功能。用BWA-MEM和GSNAP插件的BAM文件取代了SAM文件輸出。這個小改變有很大影響NGS序列分析的幾個方面。首先這大大降低了NGS的存儲需求分析。其他NGS工具也將受益于使用BAM文件。BAM文件加載在NGS查看器的程序,如平板電腦會快得多。

以下為英文介紹
News：
Sequencher 5.4.5 is Available Now!
New features for Sanger and Next-Generation DNA Sequence Analysis include:

Sanger:
?New Batch Revert Trim Ends command.
?Ability to adjust the font size in the Project Window.
?For hybrid sequencing projects, you can create NGS reference databases/indexes directly from the consensus sequences in the Project Window in addition to linking to an external sequence.

NGS:
?GSNAP and BWA-MEM workflows now produce BAM files.
?Enhancements to the External Data Browser (EDB).
?FastQC Reports now open automatically.

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